В случае с интернет-магазинами и порталами в стартпоинты может попасть каталог товаров (каталог предприятий, услуг и проч.) и просто внутренние страницы, содержащие ответ на возможный запрос пользователя.
В этом случае размер списка может достигать нескольких сотен и тысяч страниц.

Замечание 1:
в случае, если информация на страницах частично или полностью дублируется, в качестве стартпоинта выбирается страница, более полно раскрывающая возможный запрос пользователя и более удобная для продвижения (обладающая большим статическим весом, большей ссылочной массой).

Замечание 2:
в случае работы с порталами и интернет-магазинами большинство запросов со страниц каталогов и проч. выводится обычной внутренней перелинковкой при условии достаточной текстовой релевантности. Потому ТЗ с указанием как именно линковать и до каких пределов увеличить количество запросов на странице будет достаточно - эти страницы не нужно включать в стартпоинты.

Шаг 2. Подбираем релевантные запросы.
Для каждой точки входа подбираем релевантные запросы исходя из содержимого страницы.
Конкретику берем из сервисов статистики поисковых систем:

https://ad.rambler.ru/swrds/wrds.pl - определение частоты запросов в поисковой системе Рамблер.
http://wordstat.yandex.ru - определение частоты запросов в поисковой машине Яндекс.

На выходе мы должны получить таблицу соответствий точка входа / список запросов.
Не забываем записать статистику популярности запросов (к примеру, по Рамблеру, показывающему реальное количество запросов, а не показов как это делает Яндекс.) - это наше первое приближение семантического ядра.

Замечание 1:
замечательным инструментом для подбора запросов является собственная база пропарсенных запросов. Способов получить ее много, в частности, можно парсить прямой эфир яндекса (новички, палю тему ).

Если же такой возможности нет, можно воспользоваться готовым решением, к примеру базой Пастухова.

Замечание 2:
При формировании СЯ мы должны четко выделить, какие запросы являются приоритетными, какие - дополнительными. Во многих тематиках есть 1-2 запроса, обеспечивающих 90% продаж и как бы мы не пытались, именно на эти запросы нам придется обратить особое внимание.
Старайтесь избежать ситуации, когда на 1 точку входа у вас планируется слишком много блоков запросов*.

блок запросов - список запросов, являющихся расширением одного, как правило конкурентного запроса.

К примеру, блок запросов для “офисная мебель” может выглядеть так:

офисная мебель
офисная мебель Москва
офисная мебель в Москве
мебель офисная
офисная мебель Интернет
офисная мебель продажа
продажа офисной мебели
офисная мебель купить
купить офисную мебель
недорогая офисная мебель

Шаг 3. Добавляем ассоциативные запросы.
Итак, первое приближение СЯ мы получили, осталось его расширить за счет ассоциативных запросов.
Для этого нам помогут:

Вордстат от Яндекса http://wordstat.yandex.ru/advq?rp....egions= - “что еще искали люди”.
Рамблер http://nova.rambler.ru/search?....2%E8%21
Лайвинтернет http://www.liveinternet.ru/ - кластерный поиск - введите любой запрос и посмотрите на левую колонку.
SEODigger http://me.miralab.ru/2007/10/30/analiziruem-konkurentov-po-vzroslomu/ - собственно о нем я уже писал.

Замечание 1:
После подбора ассоциативных запросов иногда возникает необходимость вынести их на отдельные точки входа, что и рекомендуется делать.

Замечание 2:
не жадничайте, старайтесь обхватить только те запросы, которые реально отражают информацию на сайте, полезную пользователю.

Собственно, все. Удачи в продвижении!